Die Landesverbände Baden-Württemberg des Naturschutzbundes (NABU) und des Bund für Umwelt- und Naturschutz Deutschland (BUND) sind im jährlichen Wechsel für die Organisation der Naturschutztage in Radolfzell zuständig.
Die Organisation der Naturschutztage 2025 liegt beim BUND-Landesverband Baden-Württemberg.